5 maja 2019 o godz. 13.00 nastąpi uroczyste odsłonięcie zabytku w obecności Marszałka Województwa Pomorskiego Mieczysława Struka, Pani Prezydent Miasta Gdańska Aleksandry Dulkiewicz oraz Dyrektora Nadbałtyckiego Centrum Kultury Lawrence'a Ugwu. Uroczystość zaplanowana jest po niedzielnej mszy świętej, którą tradycyjnie odprawi ks. Krzysztof Niedałtowski, duszpasterz środowisk twórczych.
O przebiegu ostatniej renowacji opowie konserwatorka Iwona Berent - Kierownik działu opieki nad zabytkami w Nadbałtyckim Centrum Kultury. Następnie odbędzie się koncert w wykonaniu uczestników warsztatów muzyki liturgicznej "Muzyka Duszy".
Ołtarz powstał w warsztacie Abrahama van den Blocke w latach 1599-1612 i był odnawiany w latach 1673, 1712, 1737 i 1823. Ze względu na monumentalny rozmiar nie mógł być ewakuowany podczas II Wojny Światowej i pozostał w kościele. Mimo osłony wykonanej w 1943 r., zabytek znacznie ucierpiał podczas wojny, w następstwie uszkodzenia sklepień i pożaru. Jego stan ulegał pogorszeniu przez kilkadziesiąt lat po wojnie, kiedy kościół był nieczynny.
Pierwsze prace konserwatorskie odbyto w latach 1995-1997. W ich wyniku ustabilizowano konstrukcję ołtarza, odzyskano rozproszone elementy i doprowadzono do ich scalenia z bryłą zabytku. Wykonano rekonstrukcje rzeźbiarskie w miejscach tego wymagających, które zgodnie z praktyką konserwatorską zostały oznaczone odmiennym tonem kolorystycznym.
Podczas drugiego etapu konserwacji, który rozpoczął się w maju 2018 r., ołtarz oczyszczono z zabrudzeń, podklejono luźne elementy, zabezpieczono zachowane partie oryginalnych warstw malarskich i złoceń. Wykonano badania laboratoryjne zachowanych pigmentów, a poszczególne elementy ołtarza zostały scalone kolorystycznie. W związku z dostępem do nowych materiałów archiwalnych, podjęto decyzję o przywróceniu ołtarzowi wystroju malarskiego z XVII wieku.
Renowacja ołtarza odbyła się w ramach wieloletniego projektu rewaloryzacji i adaptacji kościoła św. Jana na Centrum św. Jana - etap II, dofinansowanego ze środków unijnych w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Pomorskiego na lata 2014-2020.
